おもに、裁判所を利用するかどうかが違います。特定調停の場合は簡易裁判所に申し立てます。任意整理は裁判所を利用しません。
また、自分で手続きを進める特定調停に対し、一般的に任意整理は代理人となって交渉するのがプロ(任意整理は、自分でできますか?参照)です。そのため、特定調停に比べて、借金者に有利な結果になることが多いといえます。借金の取り立てもやみます。(専門家に頼むとどうして取立てがやむのですか?)
利息制限法によって減額される借金の額などは任意整理も特定調停もほぼ同じです。